Bộ Quốc phòng Hàn Quốc được tổ chức cụ thể như sau:[4]

Lãnh đạo

• Bộ trưởng
• Thứ trưởng đặc trách Quân sự
• Thứ trưởng đặc trách Chính sách
• Cố vấn Chính sách cho Bộ trưởng
• Văn phòng Cải cách Hành chính
• Văn phòng Luật sư
• Văn phòng Bộ Quốc phòng
• Thanh tra Bộ Quốc phòng

Văn phòng Quy hoạch và phối hợp

• Sở Hoạch định và quản lý
• Sở các vấn đề chung và Ngân sách
• Sở Thông tin Tác chiến

Văn phòng Chính sách Quốc phòng

• Sở Kế hoạch Chính sách
• Sở Chính sách Quốc tế
• Sở Chính sách Giáo dục và Quốc phòng

Văn phòng Dịch vụ An sinh và Phúc lợi

• Sở Kế hoạch Nhân sự
• Sở Kế hoạch Động viên
• Sở Phúc lợi Y tế

Văn phòng Quản lý Nhân lực

• Sở Hậu cần Quân đội
• Sở Tình báo Quân đội
• Sở Chính trị Quân đội